El Instituto de Diseño de Proteínas (IPD, el equipo del premio Nobel de química 2024 David Baker) de la Universidad de Washington y NVIDIA han publicado conjuntamente RFD4-Proteina, un nuevo modelo unificado de diseño de proteínas, de código abierto bajo licencia BSD-3. Fusiona dos líneas técnicas — RosettaFold Diffusion del IPD y Proteina-Complexa de NVIDIA — y optimiza simultáneamente la secuencia de aminoácidos, la estructura 3D de una proteína y las moléculas con las que interactúa, pudiendo dedicar más cómputo a los diseños difíciles, como el "pensamiento" de un modelo de lenguaje. Las pruebas comparativas muestran tasas de éxito de diseño computacional de 5 a 10 veces superiores a las de modelos anteriores, y genera proteínas candidatas de 5 a 10 veces más rápido.
Más convincente aún es la validación en laboratorio: un equipo del Instituto de Biotecnología de Manchester (MIB) de la Universidad de Manchester usó el modelo para diseñar enzimas completamente nuevas para la síntesis de lenacapavir, un fármaco para la prevención del VIH, apuntando a un paso clave de formación de enlaces amida. La reacción es extremadamente difícil porque la enzima debe promover la formación del enlace amida deseado mientras suprime una reacción competitiva con el agua, presente en gran exceso. De 67 diseños computacionales, cuatro mostraron actividad clara; el mejor convirtió el 79% de una amina quiral voluminosa en el producto deseado, con alta selectividad por el enantiómero S requerido. Baker afirma que el modelo abrirá la puerta a nuevas soluciones en medicina, sostenibilidad, materiales y biotecnología.
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