Институт проектирования белков (IPD, команда лауреата Нобелевской премии по химии 2024 года Дэвида Бейкера) Вашингтонского университета и NVIDIA совместно выпустили RFD4-Proteina — новую унифицированную модель проектирования белков с открытым исходным кодом под лицензией BSD-3. Она объединяет два технических направления — RosettaFold Diffusion от IPD и Proteina-Complexa от NVIDIA — и одновременно оптимизирует аминокислотную последовательность белка, его трёхмерную структуру и взаимодействующие с ним молекулы, а также может выделять больше вычислений на сложные задачи, подобно «мышлению» языковой модели. Бенчмарки показывают, что успешность вычислительного проектирования в 5–10 раз выше, чем у предыдущих моделей, а белки-кандидаты генерируются в 5–10 раз быстрее.
Ещё убедительнее — валидация в мокрой лаборатории: команда Манчестерского института биотехнологии (MIB) Манчестерского университета использовала модель для проектирования совершенно новых ферментов для синтеза ленакапавира — препарата для профилактики ВИЧ, нацеленных на ключевой этап образования амидной связи. Реакция чрезвычайно сложна, поскольку фермент должен способствовать образованию нужной амидной связи, подавляя при этом конкурирующую реакцию с водой, присутствующей в огромном избытке. Из 67 вычислительных дизайнов четыре показали явную активность; лучший превратил 79% объёмного хирального амина в целевой продукт с высокой селективностью к требуемому S-энантиомеру. По словам Бейкера, модель откроет дверь к новым решениям в медицине, устойчивом развитии, материалах и биотехнологиях.
Источник: Читать оригинал
Комментарии