वाशिंगटन विश्वविद्यालय के इंस्टीट्यूट फॉर प्रोटीन डिज़ाइन (IPD, 2024 के नोबेल रसायन विज्ञान पुरस्कार विजेता डेविड बेकर की टीम) और NVIDIA ने संयुक्त रूप से RFD4-Proteina जारी किया है — एक नया एकीकृत प्रोटीन डिज़ाइन मॉडल, जो BSD-3 लाइसेंस के तहत ओपन-सोर्स है। यह दो तकनीकी धाराओं — IPD का RosettaFold Diffusion और NVIDIA का Proteina-Complexa — को जोड़ता है, एक प्रोटीन के अमीनो-एसिड अनुक्रम, त्रि-आयामी संरचना और उससे जुड़ने वाले अणुओं को एक साथ अनुकूलित करता है, और भाषा मॉडल के "चिंतन" की तरह कठिन डिज़ाइनों पर अधिक कम्प्यूटेशन लगा सकता है। बेंचमार्क बताते हैं कि कम्प्यूटेशनल डिज़ाइन सफलता दरें पिछले मॉडलों से 5 से 10 गुना अधिक हैं, और उम्मीदवार प्रोटीन 5 से 10 गुना तेज़ी से बनाए जाते हैं।
और भी भरोसेमंद है प्रयोगशाला सत्यापन: मैनचेस्टर विश्वविद्यालय के मैनचेस्टर इंस्टीट्यूट ऑफ बायोटेक्नोलॉजी (MIB) की टीम ने इस मॉडल का उपयोग HIV बचाव दवा लेनाकापावीर के संश्लेषण के लिए बिल्कुल नई एंजाइम डिज़ाइन करने में किया, जिसमें एक प्रमुख एमाइड-बॉन्ड निर्माण चरण को लक्ष्य किया गया। यह अभिक्रिया अत्यंत कठिन है क्योंकि एंजाइम को वांछित एमाइड बॉन्ड बनाना होता है जबकि पानी (जो अत्यधिक मात्रा में मौजूद है) के साथ प्रतिस्पर्धी अभिक्रिया को दबाना होता है। 67 कम्प्यूटेशनल डिज़ाइनों में से चार में स्पष्ट सक्रियता दिखी; सर्वश्रेष्ठ ने 79% भारी काइरल एमीन को लक्ष्य उत्पाद में बदला, और आवश्यक S-एनेंटियोमर के प्रति उच्च चयनात्मकता दिखाई। बेकर का कहना है कि यह मॉडल चिकित्सा, स्थिरता, सामग्री और जैव प्रौद्योगिकी में नए समाधानों का द्वार खोलेगा।
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